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由于目前脂肪酶对长链脂肪醇的酯化或酯交换有效，而对短链脂肪醇转化率低，而且短链醇对酶有一定毒性，酶的使用寿命短，副产物甘油和水难以回收，不但抑制产物形成，而且甘油也对固定化酶有毒性，缩短固定化酶的使用寿命。脂肪酸甲酯是脂肪酸的衍生物，它的一个潜在的用途是作柴油的替代品，在工业上又称为生物柴油，具有稳定性好、沸点低、分馏容易等特点。生物柴油中硫含量低，使得SO2和硫化物的排放低，可减少约30%（有催化剂时可减少70%）。

生物柴油主要有下面的优点：

试验表明生物柴油与常规柴油机燃料混合后，其降解速度可提高3倍。柴油生产商特别注意的一个问题就是柴油燃料中的硫含量一定要低，因为硫会降低燃料的润滑性能。生物柴油的含硫量仅为痕量，比新的EPA柴油标准还低，而这一标准将在2006年生效，同时生物柴油也有很好的润滑性，即使对硫含量没有要求，人们也喜欢添加少量生物柴油来减少柴油机的磨损.价格太高是生物柴油得以广泛应用的障碍。目前生产生物柴油的主要作物原料是大豆，所以价格必然是随着大豆的生产量而上下浮动。美国正在开发其他的生物柴油原料作物，增加了原料种类及数量，生物柴油的价格就会相应降低。生物柴油的黏度比传统柴油高，所以在低温下利用率不高，这就限制了生物柴油在加拿大、北美和多数欧洲国家的使用。目前生物柴油主要是用化学法和酯法生产，化学法即用动物或者植物油脂与甲chun等低碳醇在酸或者碱性催化剂和高温下进行酯化反应，生成相应的脂肪酸甲酯，经过洗涤干燥即可以得到生物柴油。在这些地区，生物柴油主要是作为添加剂，即以5％--10％的比例与传统柴油混合后使用，生物柴油的储藏也存在问题。

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